Film „Ghost in the Shell” bazuje na międzynarodowym sukcesie marki science fiction pod tym samym tytułem. Major do zadań specjalnych, jedyna taka na świecie cyborgiczna hybryda człowieka i robota (Scarlett Johansson), stoi na czele elitarnej jednostki Section 9, specjalizującej się w walce z najniebezpieczniejszymi przestępcami. Section 9 czeka największe wyzwanie w historii jednostki. Stanie przed obliczem wroga, którego jedynym celem jest wymazanie postępów technologii wirtualnej Hanka Robotic's.