Rok 1992. Po upadku komunizmu pozostało wiele nierozwiązanych spraw kryminalnych, których sprawcy nigdy nie ponieśli kary. W ręce Krauza (Maciej Stuhr) – ambitnego, młodego detektywa z Wydziału Zabójstw, wpada jedna z nich. Na miejskim cmentarzu odnalezione zostają zwłoki z licznymi śladami tortur. Świadomi niebezpieczeństwa, Krauz wraz ze swoim partnerem, postanawiają jednak rozwiązać zagadkę. Wszystkie tropy prowadzą do „Czerwonego Kapitana” – owianego złą sławą specjalisty od „ostatecznych” przesłuchań z czasów minionej władzy. Niewielu przeżyło spotkanie z nim. Z każdą minutą wychodzi na jaw coraz więcej faktów, a podejrzenia padają na najwyższych decydentów policji i Kościoła.
„Czerwony Kapitan” to ekranizacja bestsellera Dominika Dána, który przeżył na własnej skórze większość z tego, co opisał w książce.